長浜高校には、世界で唯一、ここでしか受けられない授業が3つあります。マリンアクアリウム１、マリンアクアリウム２、理科研究　です。

マリンアクアリウム１は、1年生全員が学ぶ授業です。1人1つの水槽を持ち、海の生き物を飼育しながら、豊かな自然観を育みます。マリンアクアリウム２は、3年生で希望者が学ぶ授業です。海の生き物の繁殖をテーマに、課題研究を行います。理科研究は、さらにレベルの高い研究に挑戦します。

水族館を核とした教育活動は注目されており、様々な方々が査察に訪れます。2016年の文部科学省国立教育政策研究所による現地視察では、以下のようなコメントを頂きました。「お世辞ではなく、長浜高校を訪問して本当に良かった、大正解だった！と感じています。（教育課程調査官・学力調査官　藤枝秀樹 氏）」「この度は，お邪魔させていただき，ありがとうございました．このような素晴らしい学校は，生まれて初めて拝見させていただき，感動と興奮に包まれております．（総括研究官　後藤顕一 氏）」